Первое дело в отношении бывшего руководителя «Пермрегионгаз» было возбуждено в марте 2012 года. В материалах указано, что обвиняемый в 2009 году со счетов предприятия предоставил займ пермскому баскетбольному клубу «Урал-Грейт» в размере 20 млн рублей. В ходе изучения материалов по данному делу, следователи нашли факты, подтверждающие, что аналогичным образом деньги со счетов предприятия перечислялись еще дважды. При этом после счетов «Урал-Грейта» они направлялись в другую компанию, близкую к Андрею Агишеву. Кроме того, было возбуждено и четвертое уголовное дело: по имеющейся у следствия информации, в 2008 году бизнесмен, вместе с другими лицами, похитил деньги из бюджета края. 

Таким образом, Андрей Агишев обвиняется в злоупотреблении полномочиями, растрате и мошенничестве в особо крупном размере. Материалы уголовных дел направлены в суд.