Маховикова подозревали в неисполнении решений суда о предоставлении жилья нуждающимся пермякам. Уголовное дело было инициировано в 2013 году краевой службой судебных приставов. Приставы сочли, что Анатолий Маховиков намеренно не исполнял судебные решения о предоставлении пермякам жилых помещений в черте города по договорам социального найма вместо ветхого и аварийного жилья, в котором те проживали.

В апреле 2014 г. следователи ГУ МВД пришли к выводу, что тех денег, которые выделяются на Пермь и которые есть в бюджете Пермского края, не хватит для удовлетворения требований суда – для ликвидации в Перми проблемы с ветхим и аварийным жильем необходимо 25 млрд рублей. Уголовное дело в отношении Анатолия Маховикова было прекращено в связи с отсутствием состава преступления.

Однако прокуратура Перми сочла это постановление необоснованным и попросила краевое ГУ МВД подробно расписать все эпизоды предположительно преступной деятельности Маховикова. Следователи доработали документы, но вновь признали, что Маховиков не имел преступного умысла. Сам Анатолий Маховиков себя виновным не признает и, между тем, уже покинул свой прежний пост, перейдя на работу в правительство Пермского края на должность вице-премьера.
Сейчас повторное заключение ГУ МВД о прекращении уголовного дела в отношении Анатолия Маховикова находится на двухнедельном рассмотрении в прокуратуре г. Перми.