Причинами увольнения по собственному желанию стали обвинения в харрасменте и последующий скандал.

Во время корпоратива 20 октября пьяный Иван Колпаков прикоснулся к ягодице жены одного из сотрудников редакции со словами: «Ты единственная на этой вечеринке, кого я могу харассить, и мне за это ничего не будет». На следующий день он сказал, что не помнит инцидент, но извинился. 

6 ноября об этой ситуации вышел материал Русской службы Би-би-си, так она стала публичной. Иван Колпаков самостоятельно отстранился от должности на две недели до решения совета директоров «Медузы», который в итоге оставил его на посту главного редактора. 

В результате издание подвергли критике читатели и многие коллеги-журналисты, обвинив в непоследовательности: «Медуза» активно осуждала обвиненного в харрасменте депутата Госдумы Леонида Слуцкого, пропагандирует европейские ценности, но сохранило оскандалившемуся Колпакову должность. Одновременно с этим работник, жену которого он трогал, уволился. 

9 ноября Иван Колпаков сообщил, что уходит по собственному желанию, потому что не видит иного выхода  из сложившейся вокруг издания ситуации. 

«Все же позволю себе сказать, как я это чувствую. Я ухожу, потому что мне больно видеть, как вы уничтожаете то, что я строил. Потому что мне противна несправедливость. Потому что не все, что сломалось, нужно обязательно чинить. По поводу так называемого инцидента. Я категорически отказываюсь признавать обвинения в харассменте и сексуальных домогательствах. Но я оказался в ситуации, когда невозможно и бессмысленно себя защищать. Впрочем, об этом как-нибудь в другой раз. Я по-прежнему один из трех основателей «Медузы». И буду по мере сил участвовать в ее работе. Но не как руководитель. Этот этап в моей жизни закончился», - написал журналист у себя в фейсбуке.

Исполняющей обязанности главного редактора «Медузы» назначена Татьяна Ершова.

Выпускник историко-политологического факультета Пермского университета, Иван Колпаков работал в прошлом работал в «Новом компаньоне», редактором интернет-газеты «Соль» и руководителем спецпроектов «Ленты.ру».  Когда оттуда в 2014 году была уволена главред Галина Тимченко, Иван Колпаков и многие члены коллектива тоже покинули «Ленту», и основали в Риге интернет-издание «Медуза». В 2016 году Иван Колпаков стал его главным редактором.